La historia de Gainberri empieza el año 1958, cuando la congregación Misioneras Hijas del Corazón de María, fundada por la madre María Güell, adquirió una casa en un monte llamado Gainberri (“monte nuevo”) en la ciudad de Tolosa, Gipuzkoa, para formar a sus candidatas.
La casa era un chalet muy bonito, construcción de arquitectura vasca tipo caserío, en medio de una finca de 6.000 metros cuadrados rodeado de árboles y vegetación. Además, tenía un enclave privilegiado, con fácil acceso al centro de Tolosa.
En 1959 empezó una pequeña escuela privada en la finca Gainberri, habilitada por la congregación ante la demanda de las familias de alrededor, que preferían no desplazarse al casco viejo de Tolosa. Este centro, el año 1962 pasó a llamarse Nuestra Sra. De Izaskun (Patrona de Tolosa), e impartía cursos de preescolar, primaria y bachillerato elemental, con muy buenos resultados académicos.